Durch seinen norddeutschen Charme, herrliche Landschaften und sympathische Schauspieler erfreut sich "Der Landarzt" großer Beliebtheit bei seinen Fans. Doch was wäre die Serie ohne ihre unterhaltsame Handlung, die das Landarzthaus mit vielen bewegenden Geschichten füllt, und zum dauerhaften Erfolg der Serie geführt hat.
In der sechsten Staffel freut sich Landarzt Dr. Ulrich Teschner über ein Wiedersehen mit seiner Jugendliebe Lilli Schwarzenberg. Derweil genießt Annemarie, die sich von Uli sehr vernachlässigt fühlt, die Aufmerksamkeit, die ihr Dr. Huber entgegenbringt. Als dann auch noch der seit langer Zeit geplante Urlaub platzt, weil Uli zu einem Patienten gerufen wird, trennt sich Annemarie von Uli und verlässt den Mattiesen-Hof. Aber auch das Liebesleben von Teschners Sohn Wanja hält einiges an Überraschungen bereit.
Lilli, die die Praxis von Dr. Huber erworben hat, stellt bei der Suche nach einem festen Wohnsitz fest, dass auch der neue Apotheker Herr Kroll viel für sie empfindet. Uli ist darüber wenig begeistert und fühlt sich von dem Nebenbuhler herausgefordert.
Zwischen Olga und Eckholm, der inzwischen Bürgermeister von Deekelsen geworden ist, kommt es zu einem heftigen Streit. Uli und Lilli schmieden unterdessen neue Pläne für die Zukunft.