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Der Nationalpark Thayatal, der kleinste Nationalpark Österreichs, zählt zu den schönsten und artenreichsten Landschaften Europas, kaum anderswo gibt es auf engstem Raum eine vergleichbare Vielfalt an Pflanzen und Tieren. Im Nationalpark vermischen sich kontinental- und mitteleuropäische Flora und Fauna, durch das trockene pannonische Klima, das von Osten her wirkt und dem feucht atlantischen Klima, das auf den Hochflächen des Waldviertels dominiert. Nahezu die Hälfte aller Pflanzenarten Österreichs ist hier zu finden. Im westlichen Teil und auf den schattigen Nordhängen dominieren Buchenwaldgesellschaften, in denen neben der Rotbuche auch Bergahorn, Eibe und Bergulme zu sehen sind. In der Krautschicht wachsen Türkenbund, Seidelbast, Diptam, Federgras, die Küchenschelle, die Zwerg-Schwertlilie und als Besonderheiten das Weiße Waldvögelein und der Schwarze Germer. Vor allem im östlichen Teil des Gebietes sind auf den durch Sonneneinstrahlung sehr trockenen und warmen Südhängen Eichen-Hainbuchenwälder zu finden. Eine Besonderheit ist auch die Vielfalt der Vogelwelt. Im Nationalpark Thayatal konnten über 100 Vogelarten nachgewiesen werden. Wenn die Störungseinflüsse weiter reduziert werden, so besteht die Möglichkeit, dass der Seeadler, der bisher als Wintergast den Nationalpark besucht, ebenso wie der Schwarzstorch, wieder hier zu brüten beginnt. Weitere seltene Tierarten sind der Fischotter, die Äskulapnatter, die östliche Smaragdeidechse, der Feuersalamander, der Uhu und der Kolkrabe. Nach der Öffnung des Eisernen Vorhanges sind im Thayatal sogar bereits verschwundene Tierarten wie der Elch und die Wildkatze wieder gesichtet worden.