Theresa (Shannyn Sossamon, M.) begleitet ihren Sohn Ben (Charlie Tahan, l.) zu seinem ersten Schultag, in der Stadt Wayward Pines. Empfangen werde sie von der Lehrerin Megan Fisher (Hope Davis, r.).
Pam (Melissa Leo, M.) berät Kate (Carla Gugino, r.) und Harold (Reed Diamond, l.), da Kate nicht schwanger wird. Doch die Fortpflanzung der Bewohner spielt für Pam eine äußerst wichtige Rolle.
Der Nomade Adam Hassler (Tim Griffin) wurde ins Exil geschickt, um mehr über die Abbies in Erfahrung zu bringen. Er versteht langsam ihre Vorgehensweise und möchte die Bewohner von Wayward Pines gern warnen, doch leidet er unter schweren Angstzuständen.
Theresa (Shannyn Sossamon, r.) arbeitet nun als Immobilienmaklerin und wird dabei auf ein Grundstück aufmerksam, dass ihr seltsam vorkommt. Als sie ihren Chef Big Bill (Michael McShane, l.) damit konfrontiert, fordert er sie jedoch lediglich auf, sich um ihren eigenen Kram zu kümmern.
Kerry (Kacey Rohl) und Jason (Tom Stevens) waren immer ein starkes Team und hielten in jeder Situation zusammen. Nun kam ein Geheimnis ans Licht, das alles verändert.
Ethan (Matt Dillon) versucht mit allen Mitteln, die Bewohner und die Stadt unter Kontrolle zu halten. Nach dem Anschlag sind die Menschen in Wayward Pines verängstigt und beunruhigt. Schließlich fasst er einen radikalen Entschluss.
Dr. Theo Yedlin (Jason Patric) versucht noch immer die Welt, in der er nun lebt zu verstehen. Auch die Worte von Rebecca (Nimrat Kaur) können ihn kaum befriedigen.
CJ (Djimon Hounsou) musste als Einziger den Zerfall der Menschheit beobachten. Er sollte allein entscheiden, wann die richtige Zeit gekommen war, die auserwählten Menschen aus dem Kälteschlaf zu holen.
Pam (Melissa Leo) erschuf nicht nur zusammen mit ihrem Bruder Wayward Pines, sie erzog auch ihren Anführer Jason und übernahm somit die Rolle seiner Mutter.
Der aufbrausende Jason (Tom Stevens) hat genug von den Abbies und ihrem aggressiven Verhalten. Er beschließt, kurzen Prozess mit ihnen zu machen. Noch ahnt er nicht, welche Folgen sein kurzsichtiges Handeln mit sich bringen wird.
Während Kerry (Kacey Rohl) in den gefangenen Abbies die Chance sieht, mehr über die Kreaturen herauszufinden, lässt sich Jason (Tom Stevens) immer mehr von den Gefangenen provozieren.
Gemeinsam gehen Kerry (Kacey Rohl, l.), Jason (Tom Stevens, 2.v.l.), Rebecca (Nimrat Kaur, 2.v.r.) und Xander (Josh Helman, r.) auf die Jagd nach dem entflohenen Abbie.
Arlene Moran (Siobhan Fallon Hogan, l.) und Dr. Theo Yedlin (Jason Patric, M.) spüren, dass etwas Schlimmes passiert ist. Sie wissen noch nicht, welche Katastrophe gleich auf sie zukommen wird.