Evangelion: 3.33 - You Can (Not) Redo.

Vierzehn Jahre sind seit dem Third Impact vergangen, aber die Menschheit wird immer noch von den Engeln angegriffen. Shinji Ikari wird aus Evangelion Einheit-01 geborgen und erkennt, dass sich Dinge geändert haben, jedoch nicht zum Besseren: Die Welt wurde verwüstet und seine ehemals Verbündeten von NERV haben sich ihm und Rei Ayanami gegenüber feindlich eingestellt.
Die von Misato Katsuragi geleitete neue Organisation WILLE besteht einzig, um die letzten verbleibenden EVAs von NERV zu vernichten. Obwohl Shinji für Rei alles riskiert hatte, konnte sie bislang nicht in EVA-Einheit 01 wiedergefunden werden. Seine ehemalige Freundin Asuka ist ihm gegenüber mehr denn je feindlich eingestellt, offenbart ihm jedoch, dass in den vergangenen 14 Jahren keiner der EVA-Piloten gealtert ist. Während des ersten offiziellen Treffens mit Misato und Asuka findet ein Angriff durch die von NERV geschickte EVA-Einheit 09, welche von Rei gesteuert wird, statt. Von Misato enttäuscht begibt sich Shinji in die Obhut von EVA-09 und verschwindet mit ihr. Die EVA-Einheit bringt ihn zur fast komplett vernichteten Geo-Front, wo der letzte Rest von NERV, der im Wesentlichen nur aus Shinjis Vater Gendō Ikari und dessen Vize-Kommander Kōzō Fuyutsuki besteht, weiter an der Vollendung der Menschheit arbeitet.
Shinji versucht, sich an die neue Umgebung anzupassen und trifft dabei auf den rätselhaften Kaworu Nagisa. Beide begeben sich auf die Suche nach Rei und stoßen dabei auf schreckliche Wahrheiten hinter den Engeln, NERV und den Evangelion. Während Shinji mit sich selbst hadert und sich immer wieder fragt, was mit der „echten Rei“ passiert ist und warum er sie gerettet und dann doch wieder nicht gerettet hatte, erfährt er die Wahrheit über seine Mutter Yui Ikari und Rei Ayanami. Fuyutsuki offenbart ihm, dass seine Mutter einst beim EVA-Projekt für die Steuerung zuständig war und sich mit dem Kern selbst verbinden wollte. Dabei verschmolz sie jedoch damit und einzig ihre Aufzeichnungen blieben erhalten, aus denen schließlich die Ayanami-Serie kreiert wurde. Außerdem erklärt er noch, dass die wahre Persönlichkeit von Rei Ayanami, genauso wie die echte Persönlichkeit von Yui Ikari, in Evangelion Einheit-01 erhalten wird. Nach dieser Erkenntnis zerbricht Shinjis instabile Persönlichkeit erneut, da ihm bewusst wird, dass er in der Tat am Ende von Evangelion: 2.22 nicht „seine“ Rei gerettet hatte.
EVA-13 ist fertig und zusammen mit Kaworu soll Shinji sie steuern. Sie bewegen sich mit der neuen Einheit, zusammen mit Rei in EVA-09, in Richtung des Zentral Dogmas, von wo aus der Third Impact ausging, um diesen zu revidieren. Shinji, von den neuen Erkenntnissen verstimmt, ist dabei immer wieder abfällig gegenüber Rei, die seiner Meinung nach nicht „seine“ Rei ist. Im Zentral Dogma angekommen, bekommt Kaworu Zweifel über die Mission; irgendetwas stimme mit den zwei Speeren des Longinus und des Cassius nicht, die sie dort unten in ihren Besitz bringen wollen, da diese eigentlich unterschiedlichen Types sein sollten, es aber augenscheinlich nicht sind. Da Kaworu nicht mehr reagiert, steuert Shinji EVA-13 alleine in Richtung der Speere, die im Körper von Lilith und EVA-Einheit 06 steckten. Plötzlich tauchen EVA-02 und EVA-08 auf, die verhindern sollen, dass Shinji die Speere herauszieht. Während EVA-08 auf EVA-09 schießt, versucht Asuka mit ihrer EVA Shinji aufzuhalten. Es gelingt nicht.
Shinji klettert mit seiner EVA-Einheit auf den Rücken von Lilith und zieht beide Speere heraus, trotz Kaworus Warnungen, dass dies falsch sei. Statt den Third Impact rückgängig zu machen, löst Shinji den Fourth Impact aus. Der Körper von Lilith löst sich auf und gibt EVA-Einheit 06 preis: Es handelt sich um den 12. Engel. Der Energiekern des Engels bildet sich um EVA-13, der nun aber seine wahre Gestalt annimmt und sich dabei den Kern einverleibt. Während Shinji verzweifelt versucht zu begreifen, was er da gemacht hat, erkennt Kaworu, dass er nicht nur der erste, sondern auch der dreizehnte Engel ist. Währenddessen steigt EVA-13 immer weiter in den Himmel und öffnet die Tore von Guf. Rei verliert derweil die Kontrolle über EVA-09 und katapultiert sich durch Ausstoßen der Pilotenkapsel in Sicherheit. Die führerlose EVA-Einheit 09 greift nun Misatos Flugzeug an, um zu verhindern, dass sie den Fourth Impact aufhält. Asuka greift EVA-09 an, kann aber im konventionellen Kampf nicht die Oberhand gewinnen. Schließlich initiiert Asuka die Selbstzerstörung von EVA-02 und katapultiert sich kurz vor der Explosion in Sicherheit.
Um den Fourth Impact zu verhindern, lässt sich Kaworu vor Shinjis Augen durch einen Totmannmechanismus, den Chocker, töten. Shinji kugelt sich daraufhin ein und kümmert sich nicht mehr um EVA-13 oder die Welt, woraufhin EVA-13 zu Boden stürzt. Mari, die sich in EVA-08 befindet, schafft es den Entry-Plug mit Shinji aus dem EVA rauszusprengen.
Am Ende sieht man, wie Asuka Shinji und Rei zu einem sicheren Ort bringt, damit Misato sie dort abholen kann.