Die Welt von Dinotopia ist im Ungleichgewicht. Die Sonnensteine erlöschen, dadurch werden die fleischfressenden Dinosaurier immer aggressiver und greifen die Menschen an.
Der habgierige Cyrus will die Sonnensteine für sich alleine und flüchtet mit dem U-Boot. Er kommt allerdings nicht weit, da er von einem riesigen prähistorischen Fisch angegriffen und getötet wird.