Eine Agentin kontaktiert Patricia Thornton und teilt ihr mit, dass sie den abtrünnigen russischen General Sevchenko gefunden hat. Offenbar plant er einen Putsch gegen die Regierung in Moskau.
MacGyver (Lucas Till) und Jack schließen sich mit einem russischen Bombenbauer zusammen, um in Moskau einen Sprengkopf zu entschärfen. Als der damit zusammenhängende Computer den Geist aufgibt, muss er die Kiste wieder zum Laufen zu bringen und einen neuen Kalten Krieg zu verhindern ...