Zwei Tage vor dem amerikanischen Unabhängigkeitstag: Im S.E.T.I.-Institut in New Mexico blinken die Warnlichter. Ein eindeutig künstlich erzeugtes Radiosignal findet seinen Weg vom Weltall auf die Erde. Die Wissenschaftler staunen nicht schlecht, als sie die Quelle dieses Signals entdecken: ein riesiges Flugobjekt, das direkt auf die Erde zukommt. Präsident Whitmore und sein Stab werden informiert, doch man weiß nichts von den Absichten der Außerirdischen. Wie soll man den extraterrestrischen Besuchern begegnen? 3. Juli: Das gigantische Raumschiff - offensichtlich das "Mutterschiff" - entlässt zahlreiche Schiffe, die noch immer jeweils einen Durchmesser von 15 Meilen haben und sich über jeder wichtigen Stadt der Erde in Position bringen. Gleichzeitig entschlüsselt Nachrichtenelektronik-Experte David Levinson das mysteriöse Störsignal, das die Signale aller Kommunikationssatelliten überlagert: Es ist ein Countdown, der die Vernichtung der Menschheit ankündigt. Die Zeit läuft in sechs Stunden ab. Levinson informiert den Präsidenten, der daraufhin die Evakuierung der Städte einleitet. Doch es ist zu spät: Die Ufos greifen an. Eine Welle der Zerstörung vernichtet alle großen Metropolen, Tausende Menschen werden getötet. Mit Kampfflugzeugen versucht das Militär, der Bedrohung Herr zu werden, doch vergebens: Die Schutzschilde der Raumschiffe sind undurchdringlich. Die Lage scheint aussichtslos. Währenddessen erfährt Whitmore durch seinen Verteidigungsminister Nimziki von der Existenz der streng geheimen Militärbasis "Area 51", in der seit 1947 ein in der Nähe von Roswell abgestürztes Ufo samt dreier toter Außerirdischer aufbewahrt und untersucht wird. Dieses Raumschiff ist seit dem Auftauchen der Aliens unerklärlicherweise wieder betriebsbereit. Am 4. Juli, dem amerikanischen Unabhängigkeitstag, kommt es zum alles entscheidenden Endkampf: Levinson hat den verzweifelten Plan entwickelt, die Schutzschilde der Raumschiffe mittels eines Computervirus' außer Betrieb zu setzen. Dazu müsste es ihm jedoch gelingen, das Virus an Bord des Mutterschiffs zu bringen. Gemeinsam mit Air Force Pilot Captain Steve Hiller begibt er sich an Bord des Raumschiffs aus "Area 51" und nimmt Kurs auf die Alien-Raumstation. Das Schicksal der Menschheit liegt nun allein in ihren Händen.

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