FBI-Agent Fox Mulder untersucht übersinnliche und unerklärliche Fälle, die in seiner Dienststelle schon lange zu den Akten gelegt wurden. Ginge es nach Mulders Vorgesetzten, sollten diese X-Akten wegen ihrer Brisanz auch möglichst unter Verschluß bleiben. Doch der engagierte FBI-Agent ist neugierig, deshalb stellt das FBI ihm die Spezialagentin Dana Scully zur Seite. Sie soll Mulder unter die Lupe nehmen. Im Laufe der Zeit ist Scully jedoch ebenso an übernatürlichen Kräften und den immer neuen Herausforderungen, die die X-Akten zu bieten haben, interessiert. Mulder und Scully untersuchen Phänomene, die wissenschaftlich nicht erfaßbar sind und mit der herkömmlichen Denkweise nicht mehr zu erklären sind: Außerirdische, die auf der Erde landen und um jeden Preis der Öffentlichkeit vorenthalten werden sollen, kampflustige Würmer, die ein ganzes Team von Wissenschaftlern in gefährliche Bestien verwandeln, geklonte Frauen und Kinder, die auf den Namen Eve hören und mörderische Fähigkeiten entwickeln, jahrtausendelang in einem Baum eingeschlossene, ansonsten längst ausgestorbene Insekten, die alle Menschen in ihrer Nähe in Kokons spinnen oder ein selbsternannter Wunderheiler, der von einem Geretteten umgebracht wird, weil dieser mit seinem verbrannten Aussehen nicht fertig wird. Am Ende der ersten Saison wird Deep Throat, die einzige Quelle im FBI, der Mulder vertrauen konnte, vom FBI ermordet. Neu ins Spiel kommt Alex Krycek, der sich als Freund von Mulder ausgibt. In Wahrheit arbeitet er für den mysteriösen, ununterbrochen Zigaretten rauchenden Krebskandidaten, und somit gegen Mulder und Scully, die weiterhin gegen jeden Widerstand den unlösbar scheinenden Rätseln der Außerirdischen auf der Spur sind. Drei, die an Mulder glauben, sind die Drei vom Einsamen Schützen, Frohike, Langly und Byers. Eines Tages findet Dana Scully einen fremden Chip in ihrem Nacken, den alle Menschen tragen, die einmal von Außerirdischen entführt wurden. Scully weiß, daß auch sie entführt wurde. Sie bekommt Krebs, der jedoch auf wundersame Weise wieder geheilt wird. Das FBI unternimmt alles, um das Wissen um die Anwesenheit der Außerirdischen zu vertuschen, doch Leute wie Marita Covarrubias und Alex Krycek wissen von der bevorstehenden Invasion der Erde durch eine außerirdische Rasse, die als schwarze Flüssigkeit bereits seit Äonen von Jahren auf der Erde lebt. In der letzten Folge der siebten Saison wird Mulder von Außerirdischen entführt - und Scully stell fest, daß sie schwanger ist. Sie weiß nur nicht, von wem. Es stellt sich heraus, daß ihre Schwangerschaft ein wichtiger Schlüssel zu dem Geheimnis der Außerirdischen ist. Scullys neuer Partner John Doggett übernimmt die Suche nach Mulder, und plötzlich sind die Rollen vertauscht: Doggett ist der Skeptiker und Scully vertritt die Theorien, die zu Beginn der Serie eher Mulders Spezialität waren. Akte X ist einer der größten Serienerfolge der neunziger Jahre. Erfinder Chris Carter schuf mit den Geschichten um Mulder und Scully, die immer noch einige Fragen unbeantwortet lassen, das neue Genre der Mystery-Krimi-Serie. Im Hinblick auf den Jahrtausendwechsel kreierte Carter auch die Serie Millennium (siehe dort). RTL ließ sich 1997 von Akte X für die erste deutsche Mystery-Krimiserie Operation Phoenix inspirieren (siehe dort). Als gezeichnete FBI-Agenten ermitteln Mulder und Scully auch in der Folge Die Akte Springfield (The Springfield Files) der Zeichentrickserie Die Simpsons. Ebenfalls in Cartoon-Version sind die FBI-Agenten als Sculder und Mully in der Folge Flash und Chris der Serie Student Bodies - Die total verrückte Schülerzeitung zu sehen (siehe dort). Die Akte X-Folge Rotes Museum steht in unmittelbarem Zusammenhang mit der Episode Im Dienste der Menschheit der Serie Picket Fences - Tatort Gartenzaun (siehe dort). Der fiktive Science Fiction-Autor José Chung aus der Episode Andere Wahrheiten taucht auch in einer Folge der Serie Millennium auf (siehe dort). In Folge 143, Millennium”, taucht nicht nur Agent Black aus der gleichnamigen Serie auf, Mulder und Scully tauschen auch ihren ersten Kuß aus. Im Sommer 1998 ermittelten Mulder und Scully in Akte X - Fight the future erstmals im Kino. Der Film ist damit inhaltlich nach der fünften Saison bzw. Folge 117 angesetzt.